Mustafa Ergen 1995 yılında üniversite sınavlarında ilk yüze girerek Orta Doğu Teknik Üniversitesi Elektrik Elektronik Mühendisliğine birincilikle girdi. 2000 yılında 4.0 ortalama ile ODTÜ birincisi olarak mezun oldu. 2002 yılında Kaliforniya Berkeley Üniversitesi Elektrik Mühendisliği bölümünden Yüksek Lisans derecesini aldı. 2003 yılında aynı okulun İşletme bölümünde ``Teknoloji Yönetimi'' programını bitirdi. 2004 yılında aynı okulun Uluslararası Çalısmalar bölümünden ikinci Yüksek Lisans derecesini aldı. 2004 yılında aynı okulun Elektrik Mühendisliği bölümünden Doktora derecesini aldı.

Dr. Ergen National Semiconductor sirketinin bursuyla 2004 yılında Doktora Üstü Arastırmacı olarak Berkeley Üniversitesinde çalısmalarına devam etti. Bu süre içinde üniversite ve akademiyi birlestiren Sensör Teknolojileri Grubunu kurdu aynı zamanda Akıllı Trafik Taşıma Sistemleri gurubuyla çalıstı. WiChorus şirketini kurdu. Teknoloji grubu liderliği ve WiChorus-Hindistan`ın yönetim kurulu üyeliğini yaptı. Şirket LTE, WiMAX ve dördüncü kuşak cep telefonları için altyapı ekipmanları üretmek üzere Silikon Vadisinin en iyi iki risk yatırımcısından kademeli olarak 41 milyon dolar yatırım alarak Ekim 2005 yılında kuruldu. Wichorus Tellabs tarafindan Ekim 2009 yilinda 200 milyon dolar'a satin alindi.

Dördüncü nesil haberleşme teknolojileri üzerine ``Mobile Broadband - Including WiMAX and LTE'' adlı kitabı Springer tarafından 2009'da yayınlandı. Aynı yayın evi tarafından 2004de basılmış ``Multi-Carrier Digital Communications- Theory and Applications of OFDM'' adında haberlesme teknolojisi üzerine  kitabı bulunmaktadır. Kendisinin şu ana kadar yayınlanmış 50'nin üzerinde makalesi, tebliği ve patenti vardır. Dr. Ergen ODTÜ'de 8 adet Bülent Kerim Altay ödülü almıştır. TOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesinin Mütevelli Heyet üyesidir.